L’association voit le jour en 2001, sous l’impulsion d’un groupe d’amis cherchant à développer une nouvelle structure de football américain. À leur tête, Dominique Chafal devient le premier président du club. Il n’y avait à l’origine qu’une seule équipe de flag, coachée par Ronan Provost et Lionel Daurier, dit “Boby”. Ce n’est qu’en 2003 que l’association devient Les Gones de Lyon suite à un rapprochement d’une autre association omnisport : L’Éveil de Lyon. L’équipe de flag est alors inscrite en championnat régional.
C’est en 2006 que le club prend un virage. En effet, 20 joueurs le club et deviennent les pionniers de l’équipe de football américain. Ce n’est que l’année suivante que le club s’inscrit en championnat et décroche une belle médaille de bronze en championnat national. La même année, menés par Marine Heurteau, les cheerleaders seniors font leur apparition au sein du club. Ces deux saisons marquent la naissance du Gones Spirit.
Les années suivantes, le club continue de se développer, notamment avec la création d’une section junior en 2008 et l’arrivée de Franck Lazzaro en 2010, qui prend les rênes des équipes sportives et apporte énormément sur la culture football au sein du club, et apporte une philosophie axée sur la formation. En 2011, Dominique Chafal passe le relais de la présidence à Stéphane Dalbec, deuxième président emblématique des Gones.
